¿Cómo instalar FastQC?
Si no le molesta el inglés ni la linea de comandos, puede consultar la documentación oficial en la cuál se describe cada etapa de la instalación.
Si lo prefiere más detallado y en Español, ¡Aquí quédese!
Primero, consulte la página oficial de FastQC. Haga clic en « Download Now ». Aquí, tiene dos opciones:
- Para utilizar FastQC con la interface gráfica. Seleccione el archivo que corresponda a su sistema (Windows, Linux o Mac). El archivo descargado será un « installer » que le guiara paso a paso para llevar a cabo la instalación.
- « ¡ Yo quiero lineas de comando ! ». Deberá, descargar el archivo « Source Code for FastQC » y siga las instrucciones a continuación.
Instalación desde el código fuente:
Una vez que el archivo esta descargado y descomprimido (llamado FastQC), elija un lugar para poner la carpeta generada. Por ejemplo, en mi computadora el lugar es /Users/pbertin/Bioinformatics/Programs/FastQC.
El ejecutable de FastQC, llamado « fastqc » esta presente en la carpeta. Es este archivo el que nos interesa y el que servirá para lanzar el programa. Para ello, tendrá que dar los permisos para ejecutar el comando:
chmod +x fastqc
y luego utilice un « enlace simbólico » para crear una copia del ejecutable de FastQC en una carpeta que se encuentra en el PATH (REF LINUX). Para acordarle, el PATH es una variable del sistema la cual contiene nombres de carpetas. Si los ejecutables se encuentran en una de estas carpetas, se podrán ejecutar de cualquier lugar en la computadora. Para crear este enlace, entre el comando:
sudo ln -s /Users/pbertin/Bioinformatics/Programs/FasQC/fastqc /usr/local/bin/fastqc
Recuerde que se tiene que ajustar en su comando el lugar en donde se encuentra la carpeta FastQC, definida poco antes. Este enlace simbólico le permite ahora utilizar FastQC desde cualquier lugar en su computadora. Para aprender más sobre esos enlaces, le aconsejo visitar la pagina de la universidad de Indiana.
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