Comment installer FastQC? Si ni l’anglais ni la ligne de commande ne vous effrayent, vous pouvez consulter la documentation officielle qui décrit toutes les étapes pour l’installation.
Dans le cas contraire, cette page est faite pour vous!
Avant tout, rendez vous sur la page de FastQC. Cliquez sur « Download now » qui vous amènera quelques lignes plus bas. Une fois en bas, deux solutions:
- Vous allez utiliser FastQC avec l’interface graphique. Sélectionnez le fichier correspondant à votre système d’exploitation (Windows / Linux ou Mac). Le fichier télécharger sera un installeur qui vous guidera pas à pas pour mener à bien l’installation.
- « Moi, je veux la ligne de commande ! ». Pour ce faire, téléchargez le fichier « Source Code for FastQC » et suivez les instructions ci-dessous.
Installation depuis le code source:
Une fois avoir téléchargé et décompressé le fichier (nommé FastQC), choisissez un emplacement pour le dossier généré. Par exemple, dans mon cas l’emplacement est /Users/pbertin/Bioinformatics/Programs/FastQC.
L’executable de FastQC, nommé « fastqc » est présent dans le dossier et c’est celui que l’on veut utiliser pour lancer le programme. Pour ce faire, il lui faut donner les permissions d’execution par la commande:
chmod +x fastqc
et ensuite utilisez un « lien symbolic » pour créer une copie de cet executable dans un des répertoires du PATH (REF TO LINUX PAGE). Pour rappel, le PATH est une variable du système qui contient des noms de répertoires. Si des executables se trouvent dans un de ces répertoires, ils pourront être utilisés depuis n’importe quel autre emplacement dans votre ordinateur. Pour cela, exécutez la commande:
sudo ln -s /Users/pbertin/Bioinformatics/Programs/FasQC/fastqc /usr/local/bin/fastqc
Vous devez adapter la commande avec votre propre emplacement préalablement choisi pour FastQC. Ce lien symbolique vous permet maintenant d’utiliser FastQC depuis n’importe où sur votre ordinateur. Pour allez plus loin sur les liens symboliques, visitez la page de l’université d’Indiana.
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